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TruSeq 接(jie)頭中*分子標識符的整合提(ti)高了定(ding)量測(ce)序(xu)的性(xing)
二代(dai)測序數(shu)據的定(ding)量分(fen)析要求區(qu)分(fen)重復讀(du)長(chang),重復讀(du)長(chang)在PCR過程中(zhong)由具有(you)*起源的相(xiang)同分(fen)子產生。通常PCR復制被(bei)定義為序列讀取,它以(yi)對(dui)齊為依(yi)據(ju),對(dui)齊到(dao)相同的基因組坐標上。然而,在文(wen)庫構(gou)建(jian)期間,相同的分子能夠獨(du)立產生(sheng)。作為PCR的(de)復(fu)制(zhi)品,分(fen)析時這些分(fen)子的(de)錯誤識別能(neng)夠產生不可預見的(de)偏愛。美國紐約大學(xue)科學(xue)家開發了一種(zhong)性(xing)價比高的(de)序列(lie)接頭,通過改進Illumina公(gong)司TruSeq接(jie)頭(tou),結合*分子標識符(UMI)的設(she)計,可以維(wei)持進(jin)行多重、單一指標測序的能力。UMIs結合到TruSeq接頭(即TrUMIseq 接頭)能夠識別(bie)真正的PCR產物(wu),這些PCR產物(wu)帶有(you)相同UMIs作(zuo)為相同的圖譜讀取。使(shi)用TrUMIseq 接頭(tou),在使用DNA測序的各種人群中和使用RNA測(ce)序的基因(yin)表(biao)達(da)定(ding)量中, PCR復(fu)制品的移除提高了等位基因頻(pin)率估(gu)計(ji)的度和RNA測序基因表(biao)達定量。
原(yuan)文:
Jungeui Hong and David Gresham. Incorporation of unique molecular identifiers in TruSeq adapters improves the accuracy of quantitative sequencing. BioTechniques 63:221-226 (November 2017)