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復(fu)雜基(ji)因組從頭(tou)測序是(shi)(shi)研(yan)究人(ren)員尋求高(gao)質(zhi)量參照序列的(de)主要挑戰之(zhi)一,許多從頭(tou)組裝都是(shi)(shi)基(ji)于短序列,組裝成片段的(de)基(ji)因組序列。第三代測序技術的(de)讀取長度大于10 Kb,這將(jiang)有(you)利于復雜基(ji)因組(zu)的(de)組(zu)裝,但是這些技術(shu)要(yao)求高分子量(liang)的(de)基(ji)因組(zu)DNA,常(chang)用的基因組DNA提(ti)取(qu)(qu)方法所提(ti)取(qu)(qu)到的(de)基(ji)因組DNA可用(yong)于獲取較小片段并進行短讀取測序,但是這(zhe)些(xie)基(ji)因組DNA并不(bu)適用(yong)于(yu)第三代測序技術(shu)。利用(yong)細菌人工染色(se)體構建(jian)基因(yin)文庫的方法(fa)也(ye)許適用(yong),但是這(zhe)些方法(fa)不(bu)但耗時,而且用(yong)于(yu)這(zhe)些方法(fa)的試劑盒(he)較(jiao)為昂貴。這(zhe)里,法(fa)國(guo)科學家Baptiste Mayjonade等人(ren)提(ti)供了一種快(kuai)速廉價(jia)的從細(xi)菌、植物(wu)和動物(wu)中提(ti)取(qu)高分(fen)子量(liang)基(ji)因組DNA的方(fang)法。這一方(fang)法已(yi)通過(guo)驗證(zheng),以向日葵(kui)葉(xie)子為(wei)樣本(ben),其平均讀(du)取長度為(wei)12.6 Kb,zui大讀(du)取長度為80 Kb。
原文:
Baptiste Mayjonade, Jérôme Gouzy, Cécile Donnadieu et al, Extraction of high-molecular-weight genomic DNA for long-read sequencing of single molecules. BioTechniques 61:203-205 (October 2016).