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高通量測序

產品介紹：
服務內容(rong)：
l 基因組de novo測序
1  基(ji)因組DNA提取
2  構建不同(tong)長度的基因(yin)組(zu)文(wen)庫
3  上(shang)機測序
4  數據處理：去(qu)除(chu)接頭序列、污染序列等
5  基因組拼裝統(tong)計(ji)：原(yuan)始(shi)數據(ju)統(tong)計(ji)、測序深度(du)分析(xi)、覆蓋度(du)統(tong)計(ji)、GC含(han)量(liang)分析(xi)等；
6  基(ji)因組(zu)注(zhu)釋(shi)：基(ji)因預測、基(ji)因功能注(zhu)釋(shi)、重復(fu)序列分析、nocoding RNA注(zhu)釋(shi)等；
7  基因(yin)功能分析(xi)　GO分析(xi)，KEGG通(tong)路(lu)分析(xi)等(deng)；
8  比較基因(yin)組學及(ji)進化分析：物(wu)種(zhong)系(xi)統發育樹(shu)構建、基因(yin)家族(zu)鑒定、基因(yin)共線性分析等。
 
l 基因組重測序
1  基因組DNA提取
2  構建(jian)基因組測序文庫(ku)
3  上(shang)機測序(xu)
4  數(shu)據處理(li)：去除接頭序列(lie)、污染序列(lie)等
5  序列比對
6  SNP、 InDel、CNV、SV檢測等
 
l 宏基因組測序
1  基因組DNA提取
2  構(gou)建基因組測(ce)序文庫
3  上機測(ce)序(xu)
4  數據處理：去除接(jie)頭序(xu)列、污染序(xu)列等
5  宏基因組組裝：原始(shi)數據統(tong)計(ji)、測序深(shen)度分(fen)析、覆蓋度統(tong)計(ji)、GC含量分(fen)析等；
6  樣品復雜度(du)分析：將測序(xu)所得Reads與業數據庫進(jin)行(xing)比(bi)對(dui)統計(ji)；
7  物種分類：基因預測、相(xiang)對(dui)豐度計算(suan)等；
 
l 真核生物轉錄組測序
1  RNA提取
2  構建(jian)測(ce)序文庫
3  上機測序
4   數據分析：
     無參考基因(yin)組(zu)的(de)轉組(zu)分析
Ø 基本數據處理(li)（圖像識別，堿基識別，測序街(jie)頭(tou)序列(lie)過(guo)濾(lv)，樣品污染(ran)可能性檢(jian)測）
Ø 測序數據產量(liang)統(tong)計，數據成分(fen)和(he)質量(liang)評估；
Ø Contig及Scaffold長度(du)分布；
Ø Unigene的長度分(fen)布，GO分(fen)類，功能注釋，代(dai)謝通(tong)路分(fen)析(xi)，表達差(cha)異分(fen)析(xi)。
有(you)參考基因組(zu)的(de)轉(zhuan)錄組(zu)分析
Ø 基(ji)本數據處理（圖(tu)像識別，堿基(ji)識別，測序(xu)街頭序(xu)列過濾，樣品(pin)污染可能性(xing)檢測）；
Ø 與(yu)參考基因組比(bi)對后的注釋信息；
Ø 基(ji)因在基(ji)因組(zu)上的分布；
Ø 測序深度(du)分布，測序隨機性評估，基因差異表達分析；
 
l Small RNA測序
1  RNA提取
2  連接接頭(tou)及(ji)純化Samll RNA
3  上機(ji)測序(xu)
4  數據處(chu)理(li)：去除接(jie)頭(tou)序列、污(wu)染序列等
5  樣品間(jian)的公共序列和(he)特異序列的分析(xi)
6  Small RNA 與rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比對(dui)信息
7  Small RNA 與重(zhong)復序列的比對信息（需提供選定(ding)參考基因組對應的重(zhong)復序列注釋信息）；
8  Small RNA 與 miRBase 中范(fan)圍的已(yi)知(zhi)的 miRNA 的比對；
9  按照優先將 small RNA 進行分類(lei)注釋； 
10 利用Mireap 對(dui)沒有注釋的small RNA 進行預(yu)測，預(yu)測新的 miRNA ；
11樣(yang)品(pin)間miRNA 差(cha)異分(fen)(fen)析(xi)（2個或2個以(yi)上(shang)樣(yang)品(pin)）和聚類分(fen)(fen)析(xi)（3個或3個以(yi)上(shang)樣(yang)品(pin)) ；
12  MiRNA 靶基(ji)(ji)因預(yu)測（需要提供(gong)基(ji)(ji)因編碼序列）；
 
l 簡化基因組測序
1  基(ji)因組DNA提(ti)取 酶切 接(jie)接(jie)頭
2  上(shang)機測序
3  數據分析
 
未知參(can)考基因(yin)組的信息分析(xi)流程
Ø 原始數據整(zheng)理、過濾(lv)及質量(liang)評估；
Ø 標記位點分析(xi)（標記位點鑒定，SNPs位點與InDel位點鑒定）；
Ø 全基因組關聯分析(xi)（GWAS）；
Ø 連鎖分析和QTL定位；
Ø 種群進化分(fen)析(xi)。
已知參考(kao)基(ji)因組的信息分析(xi)流程(cheng)      
Ø 原始數據整理、過濾及(ji)質量評估；
Ø 標(biao)記位點(dian)(dian)分析（標(biao)記位點(dian)(dian)鑒(jian)(jian)定，SNPs位點(dian)(dian)與(yu)InDel位點(dian)(dian)鑒(jian)(jian)定）；
Ø SNP單體型圖譜分(fen)析；
Ø 全基(ji)因組關聯分(fen)析（GWAS）；
Ø 連鎖分析和QTL定位；
Ø 種群進化分(fen)析。
 
l 細菌16S rDNA測序
 
1  基(ji)因組DNA提取 PCR擴(kuo)增(zeng)
2  上機(ji)測序
3  原(yuan)始數(shu)據(ju)整理、過濾(lv)及質量評估(gu)；
4  OTU列表生成及注(zhu)釋；
5  豐度(du)分析（Alpha多樣(yang)性分析、物種豐度(du)差異分析、聚(ju)類分析）；
6  群(qun)落結構分析（單(dan)樣(yang)品物種(zhong)分布(bu)、 多(duo)樣(yang)品物種(zhong)分布(bu)、含(han)進(jin)化關系(xi)的
物(wu)種分(fen)(fen)布、Beta多樣(yang)性分(fen)(fen)析）。
服務說明：
1、提供實驗材料，其必須保證新鮮，請您采樣(yang)后(hou)立即放(fang)入液氮中速凍或加入樣(yang)品穩(wen)定劑。
2、如果提供(gong)DNA，我們要對(dui)其進行(xing)評估。基因組(zu)DNA無明顯降(jiang)解(jie)，濃度(du)≥500 ng/ul，總量
   大于30μg。
3、如(ru)果(guo)樣(yang)品(pin)可(ke)以用Trigol法(fa)提總RNA ，也(ye)可(ke)以將樣(yang)品(pin)研磨后放(fang)在(zai) Trigol中。
4、如果(guo)提(ti)供(gong)RNA，我們需要我們評估請提(ti)供(gong)濃度≥500 ng/ul，總量≥20 ug 的total RNA樣品(pin)
   樣品請去蛋白并(bing)進DNase處理。